改善海洋生态及渔业提升基金信托有限公司於 2016 年年中成立，作为改善海洋生态基金丶渔业提升基金及增补基金（统称为「基金」）的基金信托人。基金信托人的公司董事以义务形式出任，并监察基金的运作及管理基金资产。
改善海洋生态基金由改善海洋生态基金管理委员会管理，成员包括相关学者丶环保团体代表丶海豚专家丶相关持份者及机管局成员，以监察《海洋生态保育计划》的实施情况。改善海洋生态基金管理委员会将检阅丶建议及批核符合基金目标的项目申请，并监察项目的成果。此外，督导委员会亦已成立，为改善海洋生态基金及渔业提升基金提供营运指引及政策，以确保基金有足够的资源，使基金能长远而可持续地达成其成立的目标。
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