改善海洋生態及漁業提升基金信託有限公司於 2016 年年中成立，作為改善海洋生態基金、漁業提升基金及增補基金（統稱為「基金」）的基金信託人。基金信託人的公司董事以義務形式出任，並監察基金的運作及管理基金資產。
改善海洋生態基金由改善海洋生態基金管理委員會管理，成員包括相關學者、環保團體代表、海豚專家、相關持份者及機管局成員，以監察《海洋生態保育計劃》的實施情況。改善海洋生態基金管理委員會將檢閱、建議及批核符合基金目標的項目申請，並監察項目的成果。此外，督導委員會亦已成立，為改善海洋生態基金及漁業提升基金提供營運指引及政策，以確保基金有足夠的資源，使基金能長遠而可持續地達成其成立的目標。
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